Macroscópicamente el aparato urinario está formado por los riñones en número par, los uréteres o conductos que unen a los riñones con la vejiga urinaria o lugar de almacenamiento de la orina que se forma continuamente en los riñones.

Cada riñón está formado por una vaina externa de tejido conjuntivo o cápsula y una capa de grasa protectora. Tiene forma de haba denominándose hilio renal a la zona cóncava central por donde entra el parénquima renal, arteria y vena renal, vasos linfáticos, nervios y el uréter correspondiente. La cápsula aunque delgada, limita el posible hinchazón en caso del incremento de la presión interna del órgano, por lo que aumenta la presión instersticial renal.

En la estructura interna del riñón podemos distinguir los siguientes elementos morfo funcionales (Figura):

PELVIS RENAL: próxima al hilio renal. Es la zona colectora de la orina renal de donde nace el uréter. En ella drenan los cálices mayores y en ellos los cálices menores que a su vez, reciben las excreciones de todas las unidades funcionales del riñón nefronas. 

Las nefronas se encuentran reunidas en unas formaciones piramidales cuyo vértice acaba en los cálices menores. Estas formaciones piramidales se denominan pirámides de Malpighi o papilas renales, entre ocho y diez por riñón, encontrándose ubicadas en la zona medular del riñón. A su vez, la corteza se introduce en la zona medular, entre las pirámides, dando lugar a las denominadas columnas de Bertini.

Cada papila está formada por un gran número de nefronas (Figura), que en su total suman alrededor de 1,3 millones por riñón. Dentro de cada papila se reconocen dos tipos de nefronas de acuerdo a la situación de sus corpúsculos, las corticales y las yuxtamedulares. Estas últimas con una sección tubular que se introduce profundamente en la médula renal (de 2 a 14 mm). Las yuxtamedulares representan el 15-20 % del total de las nefronas y tienen propiedades funcionales diferentes a las otras.

La nefrona o unidad funcional renal es un tubo de un diámetro máximo de 50 µm y mínimo de 20 µm, y una longitud total (incluyendo túbulo colector) de unos 45 a 65 mm (la suma total es de unos 120 Km). Presenta un extremo anterior invaginado denominado cápsula de Bowman (CB), la cual engloba a un conjunto de capilares sanguíneos cuyo conjunto forman el denominado glomérulo (G). El conjunto de glomérulo y cápsula se denomina corpúsculo renal o de Malpighi, que se encuentra ubicado en la corteza renal (diámetro: 200 µm). La arteriola que entra en el corpúsculo y da origen, por subdivisión en 5 a 8 ramas, al glomérulo se denomina arteriola aferente (aa). La salida del corpúsculo se hace por la arteriola eferente (ae), la cual vuelve a subdivirse para dar lugar a la arteriola peritubular (ap). Su función será la de FILTRACIÓN.

De la cápsula de Bowman sale una sección tubular denominada túbulo proximal (10-15 mm) en el que se distinguen dos regiones, una inicial denominado túbulo contorneado proximal (TPC) y otra distal denominado túbulo recto proximal (TPR), con una función DEPURADORA (REABSORCIÓN Y SECRECIÓN). El siguiente segmento es el asa de Henle (AH) formado por un segmento descendente grueso o asa de Henle descendente gruesa (AHDG), seguida de otro segmento descendente delgado que se dirige hacia la médula renal  asa de Henle descendente delgada (AHDD); y otro ascendente denominado asa de Henle ascendente (AHA) de mayor diámetro que se dirige hacia la corteza. Ambos segmentos se unen mediante una horquilla tubular. La rama ascendente puede ser gruesa como la que presentan las nefronas corticales y delgada seguida de una porción gruesa como la de las nefronas yuxtamedulares. Este conjunto de segmentos se encargarán de los movimientos de agua y el gradiente osmolar cortico medular. A continuación le sigue el túbulo contorneado distal (TCD) (con una parte inicial recta y otra contorneada) (unos 5 mm) que a través del túbulo conector (TC) acaba en el sistema de conductos colectores (CC) (unos 20 mm), los cuales reciben el contenido de diferentes nefronas, con una función de ajuste final y con control hormonal de la composición iónica final del plasma en cuanto al sodio, potasio e hidrogeniones. El conducto colector se divide en varias regiones según su ubicación en el parénquima renal, conducto colector cortical (CCC), conducto colector medular externo (CCME), conducto colector medular interno (CCMI) y conducto o túbulo papilar (CCP). Los conductos colectores tienen diferente origen embrionario que las nefronas, aunque comparten algunas funciones similares. Su función será, mediante control hormonal, el ajuste final del agua excretada.

La superficie funcional total de las nefronas es aproximadamentede unos 12 m².

La inervación renal es de tipo simpático, procedente de las ramas torácicas X, XI y XII y lumbares I. Su estimulación determina vasoconstricción de los vasos renales (disminución del flujo renal) y estimula mediante receptores ß2, la liberación yuxtaglomerular de renina.

La inervación parasimpática aunque existente parece no tener un papel significativo en la función renal.

Del riñón salen fibras que llevan información del dolor e ingresan en la médula espinal al nivel torácico inferior y lumbar superior. También siguen este camino las fibras que median el reflejo renorrenal.